每个接口库通过通信协议与数据库服务器进行通信。SQL Anywhere 支持两种通信协议：命令序列和表格式数据流（Tabular Data Stream，简称 TDS）。这两种协议是固有协议，对于大多数用途而言，您使用哪一协议并无多大关系。您所选择的开发环境受可用工具制约。

两者的主要差别在连接数据库时出现。命令序列应用程序和 TDS 应用程序使用不同的方法来标识数据库和数据库服务器，因此连接窗口是不同的。

命令序列   SQL Anywhere、iAnywhere JDBC 驱动程序、嵌入式 SQL、ODBC、OLE DB 和 ADO.NET API 使用此协议。

TDS   此协议由 Sybase Adaptive Server Enterprise、Open Client 应用程序以及 Java 应用程序（这些应用程序通过 TDS 使用 jConnect JDBC 驱动程序连接）使用。