In SQL Anywhere gibt es keine Stufe, die der Master-Datenbank in Adaptive Server Enterprise entspricht. Stattdessen ist jede Datenbank eine unabhängige Entität, die sämtliche Systemtabellen enthält. Den Benutzern können Verbindungsrechte zur Datenbank, jedoch nicht zum Server erteilt werden. Wenn ein Benutzer eine Verbindung herstellt, handelt es sich dabei um eine Verbindung zu einer individuellen Datenbank. Es gibt keinen systemweiten Systemtabellen-Satz, der in einer Master-Datenbank abgelegt wird. Jeder SQL Anywhere-Datenbankserver kann dynamisch mehrere Datenbanken laden und entladen, und die Benutzer können jeweils eine unabhängige Verbindung aufrechterhalten.

SQL Anywhere bietet sowohl in seiner Transact-SQL- als auch seiner Open Server-Unterstützung Tools, mit denen einige Aufgaben in einer dem Adaptive Server Enterprise entsprechenden Weise ausgeführt werden können. Beispielsweise bietet SQL Anywhere eine Implementierung der Adaptive Server Enterprise-Systemprozedur sp_addlogin, welche die am ehesten entsprechende Aktion ausführt: Einen Benutzer der Datenbank hinzufügen. Siehe SQL Anywhere als Open Server verwenden.

SQL Anywhere bietet keine Unterstützung für die Transact-SQL-Anweisungen DUMP DATABASE und LOAD DATABASE zum Sichern und Wiederherstellen von Daten. Stattdessen verfügt SQL Anywhere über die eigenen Anweisungen BACKUP DATABASE und RESTORE DATABASE, die eine andere Syntax haben.